Le travail de l'Institut international de Nouvelle-Angleterre est considéré par le gouvernement fédéral comme un partenariat public-privé. Chaque année, l'IINE reçoit 50 à 60 % de son financement de sources publiques et s'efforce d'en recueillir 40 à 50 % de sources privées, notamment des particuliers, des fondations et des entreprises, ainsi que de modestes redevances pour ses services.